故事發(fā)生在遙遠(yuǎn)的未來，肆虐的異生獸給人類的安全帶來了巨大的困擾，為了抵擋異獸的進(jìn)攻，日本政府成立了防衛(wèi)組織TLT，其中，夜襲隊擁有著最強(qiáng)大的實力和最強(qiáng)勁的武器，是整個組織內(nèi)部的中堅力量。 然而，面對經(jīng)過了進(jìn)化的新型異生獸，夜襲隊亦束手無策，在這個節(jié)骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奧特曼和它的適能者姫矢準(zhǔn)（桐島優(yōu)介 飾）出現(xiàn)了。在奈克瑟斯奧特曼創(chuàng)造出的美塔領(lǐng)域中，奧特曼和異獸之間展開了激烈的斗爭。孤門一輝（川久保拓司 飾）是TLT里的新進(jìn)成員，當(dāng)他目睹了奈克瑟斯奧特曼強(qiáng)大的力量后，開始對奧特曼的起源和姬矢準(zhǔn)的神秘過往產(chǎn)生了興趣。
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