東京召開首腦會議，地點是東京灣的新設施「Edge of Ocean」。這是一座，會議舉辦的5月1日當天，將動用2萬2千人警方人員的超巨大設施。然而不料某天，竟發生了突如其來的大規模爆炸事件！其中，出現了可以掌控全國公安警察的警察廳秘密組織——通稱「ZERO」組織的成員安室透的身影。為何不在會議當天，而選擇在會議之前引爆呢？以及安室背地里詭異的行為，讓柯南感到事情蹊蹺不已。這時，現場證物上留下的指紋，竟然與過去所屬警視廳的毛利小五郎的指紋相吻合！其中到底有什么陰謀？圍繞逮捕小五郎，柯南和安室展開了交戰。安室透這個謎一般的存在，究竟是敵是友？「極秘任務」的倒計時，此時已經無聲無息地開始了——
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