逃過攝魂怪的追殺，通過魔法部的審查，哈利（丹尼爾·雷德克里夫）終于回到美麗的霍格沃茲。然而這個學期并不輕松，他不僅要完成魔法等級考試，還要應對夜晚的噩夢和黑魔法防御課老師烏姆里奇的打壓。在好友的支持下，哈利秘密組建了鄧不利多軍團，與大家一起練習黑魔法防御術。 噩夢中，哈利總是以伏地魔的視角出現，似乎他們之間有著某種神秘的聯系。在鄧不利多（邁克爾·剛本）的指示下，哈利向斯內普教授（阿倫·瑞克曼）學習封閉術，卻鮮有成效。終于在一次噩夢的誘使下，哈利偏執的趕往魔法部營救小天狼星，卻不想陷入伏地魔的圈套，引發鳳凰社與食死徒之間的正面沖突。在混戰中，小天狼星（加里·奧德曼）不幸遇難。 究竟哈利與伏地魔（拉爾夫·費因斯）之間有著怎樣的聯系？在悲慟中，鄧不利多為哈利揭開謎底，哈利還有更長、更艱難的路要走……
劇情片