琪琪今年13歲了，按照魔法界的規矩，魔法少女年滿13歲就要出外進行為期一年的修行。所以琪琪帶著寵物黑貓吉吉踏上了修行之旅。然而，修行之旅開始得并不順利，當琪琪來到海邊一座大城市時，人們并沒有歡迎她的到來，人人都不搭理她。幸虧琪琪有一顆善良的心，當她拾到了一件別人的失物時，熱心的琪琪找到了失主。她的善良贏得了面包店老板娘的好感，琪琪就在面包店開始了她用飛行魔法為客人服務的快遞業務。琪琪很快適應了新環境，一次，一個熱衷于飛機制造的男孩邀請琪琪去參加飛行俱樂部的聚會，途中琪琪因為幫一位老大娘送東西而被雨淋了。從此，琪琪突然發現自己的魔法正在一天天變弱。
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